Kontroler lotu, mózg UAV, jest odpowiedzialny za przetwarzanie danych lotu i wykonywanie poleceń lotu. Wysokiej klasy-kontrolery lotu zazwyczaj obsługują wiele trybów lotu (takich jak pozycjonowanie GPS i tryby orientacji) oraz inteligentne funkcje unikania przeszkód, dzięki czemu nadają się do zastosowań profesjonalnych. Moduł GPS zapewnia dokładne informacje o pozycji, co jest szczególnie ważne w scenariuszach wymagających-wysokiej precyzji pozycjonowania, takich jak zdjęcia lotnicze i pomiary geodezyjne.
